Arrivé au pouvoir en 1948, le Parti national entreprit de systématiser une politique d'apartheid, ou «développement séparé», en donnant un contenu géographique strict à une politique de discrimination raciale apparue dès l'origine. Le Land Act de 1913, déjà, limitait à 13 % du pays les régions où les Noirs pouvaient acquérir des terres: les «réserves» définies pour chaque «tribu» ou «nation» constituaient une sorte de fer à cheval sur les périphéries du pays, au nord (Tswana notamment) et surtout à l'est (Zoulou, Xhosa).
Quoique moins rudement frappés par cette politique, Asiatiques et Métis perdirent eux aussi l'essentiel de leurs minces avantages. Le Group Areas Act de 1950 visait notamment à l'élimination des «taches noires» résultant d'achats opérés par les Noirs avant 1913. On entreprit d'expulser des «terres blanches» les «excédents» de population noire, tenanciers et squatters, pour favoriser une modernisation de l'agriculture européenne: entre 1960 et 1983, environ 2'600'000 Noirs furent chassés des zones rurales «blanches» et renvoyés dans les réserves où le Bantu Self-Government Act de 1959 - en organisant un système d'administration autonome des réserves - préparait l'institution des bantoustans. Ceux-ci devaient à terme devenir politiquement indépendants, quoiqu'ils fussent économiquement non viables: quatre d'entre eux (Transkei, Bophutatswana, Venda et Ciskei) reçurent entre 1976 et 1981 une indépendance que ne reconnut pas la communauté internationale.
étrangers dans leur propre pays, les Noirs pouvaient de plus en plus difficilement aller résider dans les villes, où l'on cherchait à réduire au maximum leur nombre: seuls pouvaient y venir ceux qui justifiaient d'un contrat de travail: le pass, passeport intérieur imposé aux Noirs dès 1923, permettait le contrôle des migrations. La ségrégation raciale fut systématisée dans les quartiers, au prix de multiples destructions et expulsions et de la construction de townships pour les populations de couleur.
L'opposition au système d'apartheid fut brisée: dès 1950, le Parti communiste, multiracial, était interdit. L'African National Congress (ANC) et le Pan Africanist Congress le furent en 1960 après les manifestations contre le système du pass, qui aboutirent au massacre de Sharpeville. Les leaders de l'ANC, et notamment Nelson Mandela furent condamnés à la prison à vie en 1964. L'Afrique du Sud se détacha du monde extérieur: en 1961, elle quitta le Commonwealth, opposé à l'apartheid, et la république (République sud-africaine) fut proclamée le 31 mai.

